- Hệ thống y tế cồng kềnh, nhiều đầu mối, chưa đồng bộ, thiếu ổn định, hoạt động chưa hiệu quả, phối hợp công tư chưa chặt chẽ để phù hợp với biến đổi mô hình bệnh tật, mất an toàn thực phẩm, biến đổi khí hậu, già hóa dân số và đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe ngày càng cao của nhân dân.
- Hiện nay, y tế dự phòng chia tách thành nhiều bộ phận, manh mún trong khi nguồn lực thiếu và yếu.
- Ở địa phương tồn tại nhiều bệnh viện chuyên khoa có quy mô nhỏ lẻ chưa bảo đảm được về các nguồn lực nên không đáp ứng được nhu cầu khám, chữa bệnh của nhân dân; hệ thống y tế tuyến huyện nhiều đầu mối, không ổn định trong những năm qua, đồng thời, trạm y tế xã, phường thay đổi cơ quan chủ quản nhiều lần dẫn đến tình trạng không ổn định về chất lượng dịch vụ và nguồn lực y tế.
- Chất lượng dịch vụ y tế thấp, chưa đáp ứng đầy đủ nhu cầu của các tầng lớp Nhân dân, người có thu nhập cao; vẫn còn sự chênh lệch về chăm sóc sức khỏe giữa các vùng miền nên thực hiện mục tiêu phát triển bền vững vẫn rất khó khăn.
- Công nghiệp dược chưa phát triển, chính sách vacxin, chính sách dự phòng chưa rõ ràng và nhiều thay đổi, còn phụ thuộc vào ngân sách. Nhân lực y tế còn thiếu về số lượng, yếu về chất lượng, công tác đào tạo của ngành y tế còn đang trong giai đoạn hoàn thiện; vấn đề cấp phép hành nghề phù hợp với thực tiễn còn đang thảo luận, bàn cãi. Hệ thống y tế tư nhân còn manh mún, giường bệnh tư nhân chiếm tỷ lệ rất nhỏ (khoảng 3,6%), điều kiện hoạt động gặp khó khăn về nhiều mặt.
- Mặt khác, việc quy định viên chức y tế làm hạn chế quyền chủ động tuyển dụng, hạn chế hợp tác công tư. Cơ chế chính sách đối với cán bộ, nhân viên y tế chưa đầy đủ, chưa hoàn chỉnh. Chưa thực hiện được quan điểm của Đảng: “nghề y là nghề đặc biệt, cần được đào tạo, tuyển dụng và đãi ngộ đặc biệt”.
Trong khi đó, trước tình hình biến đổi khí hậu toàn cầu, cơ cấu bệnh tật thay đổi, xuất hiện nhiều bệnh dịch lạ, mới; an toàn thực phẩm còn nhiều bất cập gây bức xúc trong xã hội đòi hỏi hệ thống y tế phải có những đổi mới mạnh mẽ cho kịp với những thay đổi nhu cầu chăm sóc sức khỏe của nhân dân; đồng thời phù hợp với quá trình già hóa dân số đang diễn ra mạnh mẽ ở nước ta với tỷ lệ người cao tuổi vào năm 2016 đã chiếm 11% dân số trong điều kiện hệ thống y tế chưa chuẩn bị kịp cho một xã hội dân số già.