Những thách thức của hệ thống thông tin y tế hiện nay:
- Nhu cầu số liệu ngày càng nhiều tại tất cả các tuyến. Số liệu yêu cầu phân tích chi tiết.
- Nguồn lực hạn chế cả về số lượng và chất lượng.
- Nhân lực còn thiếu kinh nghiệm, quá tải, và năng lực về xử lí và phân tích số liệu còn hạn chế
- Thiếu công cụ
- Không có phản hồi từ tuyến trên
- Chính sách đãi ngộ cho nhân viên y tế còn thấp