Thách thức của hệ thống thông tin y tế hiện nay:
Chưa có định hướng chiến lược rõ nét về phát triển ứng dụng CNTT trong ngành
Chế độ, chính sách đãi ngộ cho nhân viên chuyên trách CNTT thấp
Khó thu hút nhân lực có trình độ chuyên môn cao.
Nhiều đơn vị chưa quan tâm đến kiện toàn tổ chức lực lượng chuyên trách CNTT tại đơn vị.
Công tác đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn cho lực lượng CNTT tại chỗ lẫn cán bộ viên chức tại đơn vị cũng chưa được quan tâm đúng mức.
Chủ yếu từ nguồn quỹ phát triển sự nghiệp của đơn vị. Nếu nguồn thu thấp, đầu tư cho ứng dụng CNTT ít.