- Hệ thống y tế cồng kềnh, nhiều đầu mối, chưa đồng bộ, thiếu ổn định, hoạt động chưa hiệu quả, phối hợp công tư chưa chặt chẽ để phù hợp với biến đổi mô hình bệnh tật, mất an toàn thực phẩm, biến đổi khí hậu, già hóa dân số và đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe ngày càng cao của nhân dân.
- Các dịch vụ y tế công lập của hệ thống y tế cơ sở, kể cả khám chữa bệnh và phòng bệnh, phòng dịch, nâng cao sức khỏe chất lượng còn chưa tốt, chưa đáp ứng đầy đủ nhu cầu chăm sóc, bảo vệ và nâng cao sức khỏe nhân dân của người dân ở cộng đồng . Nhìn chung, các cơ sở khám chữa bệnh công lập còn chưa thu hút được nhiều người bệnh đến chữa trị. Một bộ phận không nhỏ số người bệnh tới các tuyến y tế trên hoặc các cơ sở y tế tư nhân để điều trị cho dù phải chi phí tốn kém. Một bộ phận người bệnh thì không đến các cơ sở y tế khám, điều trị mà mua thuốc về nhà tự chữa.
- Các hoạt động chăm sóc sức khỏe ban đầu ở một số địa phương chưa thực sự đi vào chiều sâu. Bằng chứng là các bệnh dịch như sốt xuất huyết, tiêu chảy cấp… vẫn xảy ra thường xuyên ở nhiều nơi, năm này sang năm khác; ô nhiễm môi trường sống và lao động chưa được khống chế có hiệu quả; an toàn vệ sinh thực phẩm chưa được kiểm soát tốt, các vụ ngộ độc thực phẩm hàng loạt ở công nhân các khu công nghiệp vẫn thường xảy ra, nguy cơ đe dọa sức khỏe cộng đồng ngày càng phức tạp, trầm trọng hơn.
Tóm lại thách thức của hệ thống thông tin y tế được tóm gọn trong 4 ý sau :
1. Nhà nước ta, ngành y tế chưa có sự đầu tư thích đáng vào hệ thống y tế cơ sở.
2 .Mô hình tổ chức y tế tuyến huyện là một mô hình không thống nhất.
3. Các chính sách về y tế cơ sở còn nhiều nội dung bất cập và chưa được thưc hiện tốt
4.Hệ thống y tế địa phương có nhiều đặc điểm, hoàn cảnh khác nhau, nhiều nơi rất khó khăn giao thông không thuận tiện.