Củng cố, nâng cao chất lượng hoạt động của hệ thống thông tin y tế là một chiến lược lớn, nhất quán qua nhiều thời kỳ trong sự nghiệp chăm sóc, bảo bệ và nâng cao sức khỏe nhân dân.
Từ khi đất nước bước vào thời kỳ đổi mới, với những chính sách mới về kinh tế, xã hội, môi trường kinh tế-xã hội có nhiều thay đổi thì các chính sách về y tế nói chung và hệ thống thông tin y tế nói riêng đã có những biến chuyển bước ngoặt để thích ứng với tình hình mới.
Tuy nhiên bên cạnh đó vẫn còn những thách thức của hệ thống thông tin y tế hiện nay:- Nhu cầu số liệu ngày càng tăng tại tất cả các tuyến.
- Việc thực thi hoạt động tại các tuyến, đặc biệt là tuyến dưới luôn:
+ hạn chế về nguồn lực
+ nhân lực thiếu kinh nghiệm, quá tải, thiếu nhân viên và năng lực về xử lí và phân tích số liệu còn hạn chế
- Thiếu công cụ
- Không có phản hồi từ tuyến trên
- Sử dụng thông tin chưa hiệu