Bên cạnh các thành tựu đã đạt được hệ thống y tế vẫn còn một số tồn tại, hạn chế lớn như: Chỉ số sức khỏe gắn với mục tiêu phát triển Thiên niên kỷ, mục tiêu phát triển bền vững và chất lượng dịch vụ y tế vẫn còn chênh lệch giữa các vùng, miền và các tuyến y tế. Y tế cơ sở, huyện, xã chưa được đổi mới căn bản về bộ máy, về hoạt động, về nguồn nhân lực, về cơ sở hạ tầng và cơ chế tài chính, đặc biệt ở vùng sâu, vùng xa, vùng khó khăn. Chất lượng dịch vụ y tế và chất lượng nhân lực y tế cần phải nâng cao hơn nữa, đáp ứng nhu cầu đa dạng và ngày càng cao hơn của toàn dân trong hoàn cảnh đối đầu với gia tăng gánh nặng lớn của các bệnh không lây nhiễm như tim mạch, ung thư, già hóa dân số. Đồng thời, phải đối mặt với các bệnh mới nổi có nguy cơ, có quy mô khu vực và toàn cầu. Thêm vào đó là bộ máy tổ chức phong cách quản trị y tế và tư duy tài chính đã đổi mới nhưng chưa quyết liệt.