Những tồn tại và thách thức là
1.Không đề cao năng lực chuyên môn nghiệp vụ của viên chức làm công tác dự phòng.
2.Cán bộ y tế đang công tác trong lĩnh vực YTDP tại các cơ sở tuyến trung ương, tuyến tỉnh và tuyến huyện còn thiếu.Nguồn nhân lực hiện có thiếu về số lượng, chất lượng chưa cao, hầu hết bác sĩ của hệ dự phòng đều từ hệ điều trị chuyển sang, thiếu những người được đào tạo chính quy, đúng chuyên ngành về y tế dự phòng
3.Điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ cho đào tạo cán bộ YTDP còn thiếu và lạc hậu. Tình trạng các phòng thí nghiệm thực hành của các trường xuống cấp hoặc chưa được trang bị tốt là rất phổ biến, ảnh hưởng rất nhiều đến chất lượng đào tạo cũng như kỹ năng, năng lực nghiên cứu khoa học của các trường.
4.Chương trình và loại hình đào tạo chưa có sự thống nhất, chậm đổi mới, nặng về lý thuyết, ít thời gian thực hành, chưa có định hướng loại hình đào tạo một cách ổn định, chưa có sự gắn kết giữa cơ sở đào tạo và cơ quan sử dụng nhân lực. Tài liệu đào tạo chưa được chuẩn hóa trong toàn quốc, chưa chú trọng tính đặc thù riêng biệt của chuyên ngành y học dự phòng.
5.Chính sách đãi ngộ đối với nhân lực hoạt động trong lĩnh vực YTDP chưa đủ sức thu hút do vậy một số địa phương không thể tuyển được bác sĩ y khoa, bác sĩ y tế dự phòng, đặc biệt là các tỉnh miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
6.Tình trạng ô nhiễm môi trường ngày càng trầm trọng,đặc biệt là do quản lý và sử dụng hóa chất trong sinh hoạt, sản xuất, bệnh viện chưa được sử lý tốt.Tỷ lệ ngộ độc thực phẩm còn cao
7.Sự gia tăng du lịch, giao lưu quốc tế cũng làm tăng nguy cơ xâm nhập các bênh dịch nguy hiểm mang tính toàn cầu
8.Mô hình bênh tật ở Việt Nam vẫn là mô hình bệnh tật ở nước đang phát triển,bên cạnh các bệnh truyền nhiễm có nguy cơ tái phát thì xuất hiện các bệnh truyền nhiễm mới, nguy hiểm, lây lan nhanh, mức độ tử vong cao.
9. Các bệnh truyền nhiễm như tiểu đường, ung thư, tim mạch, tâm thần,...ngày càng gia tăng.Tai nạn thương tích ngày càng tăng, Bệnh học đường cũng gia tăng như cận thị, vẹo cột sống, trầm cảm,tình trạng béo phì gia tăng cao.