mặc dù Nhà nước và Bộ Y tế đã có những nỗ lực rất cao trong đầu tư nhân lực và trang thiết bị cho các cơ sở YTDP trên cả nước, nhưng do yêu cầu tăng lên không ngừng có tính bùng nổ về số lượng và chất lượng chăm sóc và bảo vệ sức khỏe người dân trước những nguy cơ của bệnh dịch, biến đổi khí hậu, môi trường xã hội… đã dẫn đến nhiều khó khăn, thách thức đối với ngành Y tế nói chung, YTDP nói riêng. Có thể điểm qua những điểm nổi bật sau đây. Nguồn nhân lực hiện có thiếu về số lượng, chất lượng chưa cao, hầu hết bác sĩ của hệ dự phòng đều từ hệ điều trị chuyển sang, thiếu những người được đào tạo chính quy, đúng chuyên ngành về y tế dự phòng. Tuyển dụng cán bộ của các đơn vị hiện nay chưa đáp ứng được nhu cầu cơ cấu cán bộ theo vị trí việc làm và khó tuyển dụng được cán bộ đảm bảo chất lượng đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ. Phân bổ chỉ tiêu biên chế chưa phù hợp và chưa thật đầy đủ để thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao. Điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ cho đào tạo cán bộ YTDP còn thiếu và lạc hậu. Tình trạng các phòng thí nghiệm thực hành của các trường xuống cấp hoặc chưa được trang bị tốt là rất phổ biến, ảnh hưởng rất nhiều đến chất lượng đào tạo cũng như kỹ năng, năng lực nghiên cứu khoa học của các trường.
Chương trình và loại hình đào tạo chưa có sự thống nhất, chậm đổi mới, nặng về lý thuyết, ít thời gian thực hành, chưa có định hướng loại hình đào tạo một cách ổn định, chưa có sự gắn kết giữa cơ sở đào tạo và cơ quan sử dụng nhân lực. Tài liệu đào tạo chưa được chuẩn hóa trong toàn quốc, chưa chú trọng tính đặc thù riêng biệt của chuyên ngành y học dự phòng. Chính sách đãi ngộ đối với nhân lực hoạt động trong lĩnh vực YTDP chưa đủ sức thu hút do vậy một số địa phương không thể tuyển được bác sĩ y khoa, bác sĩ y tế dự phòng, đặc biệt là các tỉnh miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.