Bên cạnh những thành tựu đã đạt được, y tế dự phòng cũng đang phải giải quyết nhiều khó khăn, thách thức do mặt trái của quá trình phát triển kinh tế - xã hội, tác động của toàn cầu hóa, già hóa dân số, ô nhiễm môi trường, biến đổi khí hậu...
Bước sang giai đoạn phát triển mới, những bệnh mới nổi, những bệnh không rõ nguyên nhân tiếp tục xuất hiện. Gánh nặng do những bệnh không lây nhiễm vẫn ở mức cao và ngày càng khó kiểm soát. Sự giao lưu, đi lại, ô nhiễm môi trường, biến đổi khí hậu, sự biến chủng của vi sinh vật gây bệnh... tiếp tục là thách thức mới đối với ngành y tế nói chung và y tế dự phòng nói riêng.
- Tồn tại, hạn chế, nhiều khó khăn, thách thức đối với ngành y tế dự Phòng : Đó là hệ thống y tế cơ sở vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu của người dân trong tình hình mới; hạ tầng kỹ thuật chưa đồng bộ, công tác quản lý vật tư y tế còn nhiều bất cập; đội ngũ y tế còn thiếu về số lượng và hạn chế về chất lượng; văn hóa ứng xử và y đức tại một số cơ sở y tế còn chưa thực sự làm cho người dân hài lòng; cơ chế tài chính chưa đủ sức thu hút và khuyến khích phát triển y tế cơ sở; vẫn còn tình trạng vượt tuyến gây quá tải ở tuyến trên, lãng phí ở tuyến dưới.
- Bên cạnh đó, việc quản lý giá thuốc, bán thuốc chữa bệnh cơ bản không có đơn, tình trạng lạm dụng thuốc kháng sinh còn phổ biến, công tác quản lý thuốc nam, thuốc đông y, thực phẩm chức năng chưa chặt chẽ; còn tình trạng trục lợi quỹ bảo hiểm y tế; để xảy ra một số sự cố về y tế ở các tuyến gây lo lắng cho Nhân dân; tình trạng lạm dụng kỹ thuật cao và không thừa nhận kết quả trong xét nghiệm chung của các cơ sở y tế gây khó khăn, lãng phí cho người bệnh…
Để đáp ứng với nhu cầu chăm sóc sức khỏe ngày càng cao của nhân dân, y tế dự phòng cần có sự đổi mới về hệ thống tổ chức; y tế dự phòng không chỉ làm tốt công tác phòng chống dịch bệnh mà còn phải kiểm soát hiệu quả các yếu tố nguy cơ, trọng tâm là vệ sinh môi trường, đảm bảo an toàn thực phẩm, tăng cường dinh dưỡng, thông tin, giáo dục truyền thông và tăng cường chất lượng chăm sóc sức khỏe ban đầy nhằm năng cao sức khỏe cho nhân dân...